Nachdem sich auf Initiative von Dekanin Helga Bundesmann-Lotz und Dechant Winfried Leinweber Anfang der 1990er Jahre zunächst eine informelle Arbeitsgemeinschaft ökumenisch interessierter Christinnen und Christen aus verschiedenen Gemeinden gebildet hatte, kam es 1993 durch das gemeinsam gestaltete „Jahr mit der Bibel“ zu einer breiten Zusammenarbeit auch mit den Evangelischen Gemeinschaften und Freikirchen. Höhepunkt war dabei eine Woche des biblischen Films im Capitol-Kino. Seitdem traf man sich regelmäßig zum Austausch und organisierte ökumenische Gottesdienste und Sonderveranstaltungen, wie z.B. zum 50. Jahrestag des Kriegsendes 1995.

Der Jahrtausendwechsel wurde von der ACK am 1. Advent 1999 mit einem ökumenischen Gottesdienst mit Bischof Ulrich Wilckens und dem aus Marburg stammenden heutigen Bamberger Erzbischof Ludwig Schick eingeleitet. Im Verlauf des Jahres wurden jeweils zwei Gemeinden einander zugelost und gestalteten gemeinsame Aktionen. Im Jahr 2003 nahm man das „Jahr der Bibel“ zum Anlass, eine handgeschriebene Bibel zu erstellen. Die „Bibel von Hand aus dem Marburger Land“ umfasste schließlich 13 Bände, an der Hunderte Christinnen und Christen aus allen Gemeinden mitgearbeitet haben. Außerdem wurde von Schülern eine 4-bändige illustrierte Bibel erstellt und eine Altarbibel wanderte von Woche zu Woche durch 52 Gemeinden in Marburg und Umgebung.

Im Jahr 2008 gab sich die Marburger ACK eine formale Struktur und Satzung. Seitdem besteht sie aus Mitglieds-Gemeinden, die durch Delegierte vertreten werden. Als Besonderheit werden dabei in Marburg auch die landeskirchlichen Gemeinschaften des Gnadauer Verbandes als selbständige Mitgliedsgemeinden gesehen. Außerdem wird die Verbindung mit der Evangelischen Allianz als zweitem überkonfessionellen Arbeitskreis dadurch ausgedrückt, dass diese auch eine Person für den dreiköpfigen ACK-Vorstand stellt. Dieser bestand bei der Gründung 2008 aus Dekan Helmut Wöllenstein, Pfr. Albert Köchling und Karl Böttner. Später wurden Dekan Wöllenstein durch Dekan Burkhard zur Nieden und Pfr. Albert Köchling durch Dechant Franz Langstein abgelöst. Von 2016-2021 wurde die ACK von Dekan zur Nieden (ev.), Dr. PD Markus Lersch (kath.) und Prof. Frank Lüdke (Freikirchen und Gemeinschaften) geleitet. Momentan ist Prof. Frank Lüdke der Koordinator der ACK-Arbeit.

Schon seit den Anfängen ist dabei der jährliche gemeinsame Pfingstmontagsgottesdienst auf der Schlossparkbühne ein zentraler Baustein der ökumenischen Zusammenarbeit. Hinzukommen regelmäßige Sitzungen, z.T. Gottesdienste zur Gebetswoche für die Einheit der Christen sowie das seit 1987 alle zwei Jahre stattfindende Marburger Ökumenegespräch.